qemu-img
y realizar la conversión como sigue:
bash-4.0$ VBoxManage internalcommands converttoraw nombre_de_disco.vdi temporal.raw
bash-4.0$ qemu-img convert -O vmdk temporal.raw nombre_de_disco.vmdk
bash-4.0$ rm temporal.raw
Visto en Commandline.fu. ¡Gracias Guillermo!